En 1233 , los frailes franciscanos obtuvieron del Papa Gregorio IX una recomendación pontificia para el Obispo y Cabildo de Oporto para que no estorbasen la fundación del convento en la ciudad.
EL clero secular y las congregaciones de aquel tiempo no toleraban a los franciscanos , llegando a perseguirlos hostilizandoles en cualquier lugar en el que se establecian.
Hasta tal punto fue dificil la vida de los franciscanos en Portugal que el Papa Gregorio IX tuvo que expedir una bula en 1233 , en la que se quejaba de los Obispos , Abades , Priores , Decanes , Arcediaconos y
otros prelados por colaborar en la persecuciones a las que los franciscanos fueron objeto. Oporto fue uno de los lugares donde mas sufrieron.
En Oporto un devoto donó un terreno en el lugar llamado Redondela en Miragaia para la construir el monasterio.
A pesar de todo los fieles apoyaban a los franciscanos contribuyendo generosamente con dadivas.
Entretanto las disputas entre el Obispado y los franciscanos no tenian fin , hasta que los frailes tuvieron que aceptar una propuesta para salir de la ciudad , fundando otro convento en Gaia.
Mas tarde Inocencio IV por la "Bulla Dolentes Accepimus" ordena restituir al lugar que abandonaron forzosamente en 1244.
La situación cambia a mejor en el reinado de João I , ya que este rey profesaba gran estima a esta congregación (escogió el convento de San Francisco como alojamiento en sus esponsales con Dona Filipa) . Fruto de ello fue la construcción de un convento de mayores dimensiones entre 1383 y 1425 con el patrocinio del
monarca.
